公司積極轉變理念，參與興辦合資、合作和內聯企業，并開始嘗試發展貿易業務；同時，試行崗位聘任制和經營目標責任制，初步打破了“大鍋飯”“鐵交椅”，從政企合一的地方行政事業型公司逐步轉型為一家業務涉及投資、貿易、地產、金融等領域的綜合性實體企業。

一方面，公司通過改革進一步完善內部經營管理機制；另一方面，對投資項目進行清理整頓，有效提高投資企業的經濟效益。同時，堅持“一業為主、多業并舉”的發展方針，基本形成了以進出口貿易為主，實業投資和房地產業為輔，信托證券、國際貨運和其他綜合服務業迅速趕上的發展格局，搭建了企業集團的基本框架。

1996年公司改制并正式更名為廈門建發集團有限公司。1998年開始實施首個三年發展規劃，進入有規劃的戰略發展新階段。同時，生產經營和資本經營并舉，基本形成了貿易及物流、房地產開發、旅游酒店和會展等核心行業。

公司不斷加大對核心行業的投資，采取各種措施推動核心業務快速發展，各核心行業也不斷創新經營和盈利模式，壯大自身業務，經營規模和效益快速增長，旗下擁有建發股份公司、建發房地產集團、聯發集團、建發旅游集團、廈門會展集團等核心企業。  

公司積極適應經濟新常態，以創新發展為主導，注重有質量的內涵發展與外延擴張，推動供應鏈運營、房地產開發、旅游酒店、會展和投資等核心主業不斷提升競爭力，同時培育起醫療健康、城市公共服務、新興產業投資等新產業，促進公司高質量可持續發展。